Второй год в «Священном сердце» не дает Джей Ди, Терку и Эллиот расслабиться. Из наивных интернов парни превращаются в ординаторов, но до звания опытных врачей им еще топать и топать (конечно же, спотыкаясь на каждом шагу). Джей Ди, как всегда, мечется между своими чувствами к Эллиот, которая то отвечает ему взаимностью, то строит глазки другим, и попытками заслужить одобрение доктора Кокса, что практически невозможно, ведь тот – мастер сарказма. Терк продолжает оттачивать свои хирургические навыки под чутким руководством и бесконечными подколами Карлы. Их отношения выходят на новый уровень, но признание в любви превращается в настоящий комический квест. В жизнь Джей Ди неожиданно вторгается его старший брат по имени Дэн, беззаботный музыкант с легким отношением к жизни. Их встреча превращается в смесь из трогательных моментов, братских подколов и ценных жизненных уроков. А доктор Кокс тем временем пытается воскресить отношения со своей бывшей женой, Джордан — железной леди, которая может поставить на место даже самого язвительного циника. Их «любовная лодка» то и дело наталкивается на рифы прошлого, что неизменно приводит к уморительным комичным поворотам.
Отработав в клинике уже около двух лет, сотрудники начинают ощущать нарастающее чувство монотонности и рутины в своих буднях. Это состояние усталости и потери интереса, кажется, постепенно охватывает весь медицинский персонал. В это время, в жизни друзей Терка и Джей Ди происходит значимое событие - к ним приезжает их общий приятель со студенческих времен по имени Спенс. Появление этого старого знакомого, несомненно, вносит оживление и яркие эмоции в их привычное существование. На фоне этого, доктор Кокс узнает поразительную новость - он на самом деле является биологическим отцом ребенка Джордан. Это откровение глубоко потрясает и меняет восприятие Перри самого себя, заставляя его переосмыслить свою жизнь.
Отношения Джей Ди и вдовы пациента Джэми, которые ранее казались многообещающими, постепенно затухают, не достигнув яркой кульминации или острых конфликтов. Это тихое угасание связи оставляет ощущение некоторой недосказанности и упущенных возможностей. Тем временем, Карлу, супругу Терка, потрясает трагическая новость о смерти ее матери. Это личное горе накладывается на и без того сложные отношения пары, вызывая дополнительные эмоциональные переживания. Озабоченный участившимися этическими нарушениями со стороны врачей и пациентов, главврач Келсо принимает решение организовать тематическую лекцию, которую неохотно соглашается провести доктор Кокс.
Пережив недавнюю утрату своей пациентки Джэми, молодой интерн Джей Ди принимает приглашение на ее похороны. Этот эмоциональный опыт заставляет его задуматься о возможности развития романтических отношений в будущем. Однако в это же время его коллега Терк оказывается вовлечен в совершенно другую ситуацию - его начинают преследовать яркие эротические сны об Эллиот, что серьезно тревожит его супругу Карлу. Весьма неожиданным поворотом событий становится внезапное проявление доктором Коксом теплых и заботливых чувств к ребенку Джордан. Это радикальное изменение в поведении жесткого и язвительного Кокса вызывает удивление и замешательство у всех окружающих.
Джей Ди переводится в хирургическое отделение для прохождения стажировки, что неизбежно вызывает напряжение в его давней дружбе с коллегой Терком. Теперь их привычный тандем распадается, а соперничество за престижное место и усердие в работе становятся причиной растущего отчуждения между некогда близкими друзьями. В это же время, Уборщик, находясь в процессе поисков применения для неожиданно обнаруженной им циркулярной пилы, становится источником комичных и довольно курьезных ситуаций в клинике. Его безудержная фантазия и творческий подход к использованию этого опасного инструмента порождают множество забавных моментов.
Доктор Кокс продолжает свою излюбленную практику подтрунивания над молодым интерном Джей Ди, нарочно обращаясь к нему не по имени, а вместо этого используя клички различных собак. Этот тонкий и едкий сарказм Кокса в адрес своего подопечного является постоянным источником напряжения и дискомфорта в их взаимоотношениях. Помимо этого, Кокс также сталкивается с трудностями в попытках наладить контакт со своим ребенком, что лишь усугубляет его эмоциональное состояние. Тем временем, в больнице разгораются и другие конфликты - пары Эллиот-Пол и Терк-Карла испытывают сложности в своих романтических отношениях. Однако, пожалуй, самому осуждению подвергается поступок Джей Ди, который, игнорируя этические нормы, приглашает на свидание жену пациента, находящегося в длительной коме.
Любознательный интерн Джей Ди заводит знакомство с харизматичным молодым доктором частной практики Питером Фишером. В ходе общения Джей Ди невольно начинает испытывать чувство зависти к успешному и самоуверенному коллеге. Но вскоре выясняется, что Питер является бывшим мужем Джордан, что проливает свет на причины ее развода с Коксом в прошлом. Параллельно с этим, неожиданное развитие получают отношения Уборщика и Эллиот – казалось бы, непримиримые противники начинают проявлять интерес друг к другу, и Уборщик пытает завязать с Эллиот романтический флирт.
Чувствуя потребность немного отвлечься от больничных будней, молодые интерны Джей Ди и Терк решают тайком поиграть в гольф на крыше клиники. Несмотря на то, что это строго запрещено, приятели не могут устоять перед искушением и с удовольствием занимаются любимым видом спорта, зная, что их маленький секрет может быть раскрыт в любой момент. Тем временем, Джордан готовится к рождению ребенка. Джей Ди случайно узнает, что отцом этого малыша является не кто иной, как сам Кокс, но Джордан категорически не хочет, чтобы Кокс об этом узнал. Юный интерн сталкивается с непростой дилеммой – сохранить тайну или раскрыть ее.
Испытывая трудности в управлении вспышками гнева, доктор Кокс принимает решение обратиться за помощью к психотерапевту Гроссу. В ходе консультаций выясняется, что корни его агрессивного поведения кроются в глубокой личной неуверенности. Проходя через этот процесс самопознания, Кокс начинает работать над контролем своих эмоций, что со временем положительно сказывается на его взаимоотношениях с коллегами и пациентами. Тем временем, Карла переживает внутренний конфликт относительно своей готовности к браку с Терком. Хотя она испытывает глубокие чувства к своему возлюбленному, Карла не уверена, готова ли она посвятить ему всю свою жизнь.
Терка посещает его брат Кевин, принося с собой новости, которые сотрясают его до глубины души. Кевин сообщает, что ему поставлен диагноз онкологического заболевания, и Терк, потрясенный этой ужасающей информацией, изо всех сил пытается поддержать своего брата, хотя и не знает, что именно сказать в такой тяжелой ситуации. Тем временем, Джей Ди, другой молодой интерн, обнаруживает, что любимый всеми пожилой врач Таунхэнд, на которого все возлагают большие надежды, на самом деле является некомпетентным специалистом. Джей Ди становится свидетелем нескольких грубых ошибок, совершаемых Таунхэндом, и решает сообщить об этом своему руководителю, Коксу.
У Кокса и Джей Ди проблемы с парой, которая ждет ребенка. Терк пытается сделать Карле предложение. Эллиот надоело переодеваться в одной раздевалке с мужчинами. Она обращается к Келсо с требованием разделить раздевалки, но он отказывается. Эллиот не сдается и продолжает настаивать на своем. В конце концов, Келсо уступает и приказывает построить новые раздевалки для женщин. Одним словом – в клинике происходит полная вакханалия, что, по сути – как всегда.
Джей Ди пытается успокоить свои чувства к Эллиот и пытается снова встречаться с Лизой. Келсо объясняет Терку, что пациенты всегда обманывают врачей. Джей Ди все еще любит Эллиот, но пытается двигаться дальше. Герой начинает снова встречаться с Лизой, но понимает, что она ему не подходит. У Карлы и Кокса проблемы с их пациентом-ипохондриком. Этот человек постоянно жалуется на разные симптомы, но врачи не могут найти никаких признаков заболевания. Карла и Кокс начинают подозревать, что пациент симулирует.
Джей Ди и Эллиот пытаются разобраться в своих чувствах друг к другу. Они решают не возобновлять свои отношения и оставаться просто «партнерами» в сексе. Оба понимают, что не готовы к серьезным отношениям, но им нравится проводить время вместе в постели. Терк видит, что Эллиот перегружена работой и предлагает свою помощь, но девушка неохотно соглашается. Тем временем, Карла узнает, почему врачи никогда не дают четких ответов.
У Терка и Карлы проблемы в отношениях, точно так же как и у Кокса и Джордан. Девушкан чувствует себя подавленной из-за того, что постоянно находится в тени. Кокс не понимает, что расстраивает ее, но продолжает вести себя так же, как и всегда. Джей Ди рассуждает, как клиника поглощает их жизни. Эллиот не может найти жилье и переезжает к Терку и Джей Ди. Последний отказывается от отношений с девушкой из сувенирной лавки. Терк и Карла ссорятся из-за того, что возлюбленный не уделяет ей достаточно внимания, чувствуя себя одинокой и недооцененной. Тот, в свою очередь, понимает, что был слишком эгоистичен, и обещает измениться.
Эллиот решает проблему с выездом из квартиры из-за проблем с деньгами, а также с иском о профессиональной небрежности. Джей Ди обскакал Кокса в знаниях, и между ними начинается соревнование. Одновременно с тем, Эллиот сталкивается с выселением из квартиры из-за того, что не может заплатить за аренду. Отчаявшаяся девушка обращается за помощью к друзьям и коллегам, но никто не может ей помочь. В конце концов, она просит помощи у отца, и тот соглашается помочь.
Доктор Кокс и Джулия, наконец-то начинают встречаться. Выясняется, что Терк и Джей Ди воруют еду из клиники. Их заставляют работать в выходные дни, чтобы возместить убытки. Герои недовольны, но все-таки соглашаются на наказание. Отец Эллиот отказывается дальше оплачивать ее жизнь. Появляется беременная Джордан, и Перри должен сделать выбор между ней и Джулией. Кокс и Джулия наслаждаются своим романом, но их отношения омрачаются тем, что Кокс все еще влюблен в Джордан. Джулия понимает это, и она начинает ревновать.
Доктор Кокс и сексапильная агент продаже лекарств Джулия выясняют отношения. Джей Ди и Эллиот спорят из-за необходимого лечения для пациента. Карла хочет быть «просто медсестрой». Джулия пытается соблазнить Кокса, но он сопротивляется ее чарам, поскольку все еще влюблен в Джордан, и не хочет предавать ее. Джулия настойчива, и доктор начинает колебаться. Джей Ди и Эллиот спорят о том, какое лечение необходимо пациенту с редким заболеванием. Джей Ди считает, что нужно попробовать экспериментальное лечение, а Эллиот более осторожна, и хочет придерживаться традиционных методов.
Дэн, старший брат Джей Ди, приезжает к нему на выходные погостить, и герой не знает, как сказать ему, что тот – клинический неудачник. В клинике все дружно празднуют Хэллоуин. Дэн, успешный адвокат, и Джей Ди завидует его успехам. Он пытается скрыть от брата свои проблемы, но тот быстро понимает, что с ним, не все в порядке. Терк и Кокс спорят о том, выживет пациент с тяжелым заболеванием или нет. Первый верит, что пациент поправится, а второй считает, что его шансы невелики. Оба героя заключают пари, и тот, кто ошибется, должен будет одеться в клоунский костюм.
Джей Ди приходит на работу в медицинском халате с именем «Доктор Джей Ди». Это вызывает насмешки со стороны коллег, но молодой человек не обращает внимания. Он хочет выглядеть более профессионально, но у него получается скорее смешно, чем внушительно. Эллиот начинает приобретать репутацию среди коллег как человека, который говорит то, что думает. Она открыто высказывается о своих взглядах и не боится бросить вызов старшим по званию. Это приносит девушке, как уважение, так и недоброжелательность.
Отношения Карлы и Джей Ди портятся из-за того, что Дориан выдал ее секрет.. Эллиот пытается добиться уважения Кокса. Карла злится на Джей Ди за то, что он рассказал Терку о ее проблемах с фертильностью. Она чувствует себя преданной и не доверяет Джей Ди, тот же пытается извиниться, но Карла не хочет его слушать. Хирурги соревнуются между собой за право отправиться с Келсо в поездку по Мексике. Терк и Кокс объединяются, чтобы победить доктора Рида, но в итоге молодой человек случайно портит шансы доктора.
Доктор Келсо устраивает соревнование между сотрудниками и объявляет, что тот, кто продемонстрирует самые лучшие результаты в работе, тот отправится на престижную медицинскую конференцию. Терк должен просить Келсо о приобретении нового лазера. Эллиот переживает из-за того, что у нее не складывается дружба с Карлой.. Сотрудники начинают соревноваться друг с другом, пытаясь произвести впечатление на своего непосредственного наставника.
Стажеры остаются на ночное дежурство в клинике без присмотра и должны самостоятельно решать возникающие проблемы. Они сталкиваются с рядом сложных случаев, и им приходится принимать важные решения без помощи старших врачей. Они понимают, что несут ответственность за жизнь пациентов, и это их, вполне естественно, очень пугает. В то же время Кокс и Джордан пытаются разобраться в своих чувствах друг к другу. Доктор обвиняет девушку в том, что она разрушила его брак, а она, в свою очередь, говорит, что он сам виноват в своих проблемах. Герои кричат друг на друга, выплескивая всю боль и обиду, которые накопились за долгие годы.
После откровений Джордан, привычные отношения главных героев значительно ухудшаются. Кокс начинает игнорировать Джей Ди, тогда как Карла дует губы на Терка, Джей Ди не знает, что делать с его отношениями с Эллиот. Кокс считает, что Джей Ди предал его доверие, и отказывается с ним разговаривать. Карла расстроена тем, что Терк не сказал ей о своих чувствах, и избегает его. Джей Ди чувствует себя виноватым за то, что он сделал больно Эллиот, но не может признаться ей в своих чувствах. Стажеры пытаются наладить отношения, но им это не удается. Они чувствуют себя растерянными и преданными.