Действие сюжета 3 сезона разворачивается спустя триста лет после печально известного процесса над салемскими ведьмами, когда около двадцати душ были повешены, а более двухсот оказались за решеткой. Те, кто избежал расправы, теперь находятся на грани исчезновения. Очередная загадочная атака на ведьминский род заставляет группу юных колдуний отправиться в специальную школу в Новом Орлеане, где их должны обучить защищать себя. Одна из новоприбывших по имени Зои таит от всех некий секрет. Встревоженная внезапной агрессией в адрес ведьм, долго отсутствовавшая в обществе – Верховная ведьма Фиона возвращается в город, полная решимости защитить клан. Она берет шефство над школой и ее воспитанницами. В стенах учебного заведения развивается напряженное противостояние между Фионой и другими ведьмами за право стать новой Верховной. Параллельно разворачиваются темные мистические события. Ученицы оказываются втянуты в жестокую борьбу за власть, в которой сталкиваются амбиции, ревность и предательство.
Пришло время для молодых ведьм пройти через испытания Семи Чудес. Это нелегкий путь, который потребует от них всех сил и мудрости, а некоторые испытания окажутся непредсказуемо сложными. Во время этих испытаний возникнут неожиданные трудности, которые заставят девушек вступить в борьбу не только с собой, но и друг с другом. Но в конце концов новая Верховная взойдет на престол, узнав, что для того, чтобы полностью овладеть своими силами, ей придется принести душераздирающую жертву, которая изменит ее жизнь навсегда.
Последнее видение Корделии заставляет ее усомниться в будущем Шабаша, предсказывая опасные перемены и угрозы для всех ведьм. Силы Фионы, бывшей Верховной, угасают, но девочки из Академии открывают в себе новые мощные силы, что делает будущее Шабаша непредсказуемым. Куини отправляется на поиски Мари Лаво, но ее поиски приводят ее в Ад, где она встречается с невероятными и опасными существами.
Фиона и Мари ЛаЛори переживают страшную стычку с Корпорацией, группой могущественных охотников на ведьм, которые хотят уничтожить всех ведьм. Зои и Кайл сближаются, но их отношениям мешает ревнивая Мэдисон. Миртл наделяет Зои даром, который поможет ей бороться, но Зои не уверена, стоит ли принимать этот дар, который может сделать ее более могущественной, но и более опасной. Корделия делает жертву во имя Шабаша, чтобы защитить свои ценности и показать свою верность, но последствия этой жертвы могут быть непредсказуемыми.
После массового убийства своих последователей, Мари ЛаЛори ищет убежища в Академии Фионы. Однако темный мастер Папа Легба требует от нее уплатить долг за свои деяния. Фиона пытается узнать, кто новая Верховная, и предлагает Мисти встречу со Стиви Никс. Фиона обещает ей, что если Мисти покажет все свои силы, она получит не только этот подарок, но и многое другое. Корделия узнает ужасную правду о Хэнке и охотниках на ведьм, что глубоко ее потрясает. Мэдисон пытается устранить своих конкуренток, чтобы стать Верховной.
Мари ЛаЛори сначала отвергает предложение Фионы о союзе, но вынуждена пересмотреть свое мнение, когда охотник на ведьм Хэнк обращает свое внимание на ее племя вуду. История Хэнка раскрывается, показывая, как его отец обучал его быть охотником на ведьм, а затем, как он встретил и очаровал Корделию. Миртл, наконец, отомстила Совету, который ее предал. Тем временем Куини пытается заставить обезглавленную Дельфину оценить современное афроамериканское наследие. Ясновидение Нэн позволяет находящемуся в коме Люку раскрыть темную тайну семьи Рэмси.
Корделия, обеспокоенная безрассудными действиями Фионы, пытается ее остановить. Вместе с девушками из Академии она решает довести мать до самоубийства, считая это единственным способом спасти ее от гибели. Кайл признается Зои в любви, и этот разговор слышит Мэдисон, что вызывает у нее чувства ревности и печали. Мари ЛаЛори, зная, что нельзя убить Дельфину из-за проклятия, решается отрезать ей руку, а затем голову. Последнюю она отправляет в Академию в посылке. Фиона получает эту посылку и испытывает ужас и отчаяние, осознавая, что Дельфина мертва.
Фиона, охваченная страстью, находит новые цели в опасной любовной истории. Но ее отношения с ЛаЛори заставляют Куини задуматься о своем месте в Шабаше, о том, как она вписывается в мир ведьм и какую роль она должна в нем играть. Корделия, испытывая новые силы и сталкиваясь с правдой о своей прошлой жизни, делает судьбоносный вывод о своей матери. Этот вывод меняет ее взгляд на отношения с Фионой и подталкивает ее к самостоятельным поискам правды и своего пути в жизни.
В 1919 году зловещий «Дровосек» из Нового Орлеана готовится к массовому убийству, но обещает пощадить дома, где звучит джаз. Несмотря на угрозу, девушки из Академии решают игнорировать его предупреждения. В наши дни Зои, Куини и Нэн, пытаются найти пропавшую Мэдисон. Они решают воспользоваться спиритической доской, найденной Зои в шкафу. Но вместо связи с Мэдисон они вызывают дух Дровосека. Он помогает им отследить Мэдисон, но вместо ответов они получают только новые, ещё более загадочные вопросы.
В ночь Хэллоуина Академию атакуют зомби. Зои и ее подруги отчаянно защищаются, но им грозит смерть. Перед лицом гибели Зои открывает в себе новую, мощную силу. Мадам ЛаЛори, видя среди зомби собственных дочерей, понимает, что была ужасной матерью. Фиона также сталкивается с правдой о своих неудачных родительских отношениях, когда на Корделию нападает неизвестный враг, оставивший ее слепой и беспомощной. После нападения на Корделию и девочек возвращается Совет ведьм, но Фионе удается убедить их, что Миртл Сноу, глава Совета, напала на Корделию из-за обиды на Фиону.
Фиона, ставшая более жестокой и непредсказуемой, принимает решения, которые снова разжигают войну между Ведьмами Салема и Марией Лаво. Ее действия вызывают недовольство и недоверие с обеих сторон, угрожая хрупкому миру, которому они пытались достичь. Внезапно в Академию прибывает Председатель Ведьминской Магии с неожиданным и настораживающим объявлением. Его слова сообщают о серьезной угрозе, которая нависла над ведьмами и может поставить под угрозу их существование.
Мэдисон и Нэн, две ведьмы из Академии, привлекают внимание нового соседа Люка Рэмси, но их отношения осложняются его чрезмерно религиозной матерью Джоан. После встречи с Рэмси у Мэдисон проявляется новая сила - пирокинез. Фиона, ослабленная болезнью, узнает, что у нее рак. Она считает, что это происки одного из студентов, который пытается захватить ее место Верховной. Узнав о растущей силе Мэдисон, Фиона берет ее под свое крыло, хотя и планирует избавиться от нее позже. Зои, опечаленная гибелью Кайла, навещает его маму и приводит его домой, не зная о ее истинном облике. Она подвергает Кайла сексуальному насилию.
Зои переживает невообразимую трагедию: ее любимый Кайл погибает в результате мести Мэдисон. Охваченная горечью и гневом, Зои использует свой дар, чтобы убить оставшегося в живых насильника. Мэдисон, понимая боль Зои, решает помочь ей вернуть Кайла, используя свой опыт в некромантии. Фиона, верховная ведьма, откапывает Дельфину ЛаЛори, которую она замуровала в подвале много лет назад. Дельфина, освобожденная из плена, пытается привыкнуть к современной жизни, которая разительно отличается от ее прошлого.
Зои обнаруживает в себе редкий дар, который отличается от обычных ведьминских способностей. Ее отвозят в загадочную частную школу в Новом Орлеане, где она встречает троих других ведьм, которые также обладают необычными способностями. Зои влюбляется в Кайла, студента из братства, но их идиллию нарушает ужасная трагедия: Мэдисон, соседка Зои по комнате, становится жертвой насилия с стороны тех же парней, что и Кайл. Мэдисон, разъяренная и одержимая местью, использует свой дар телекинеза, чтобы перевернуть автобус с насильниками.