Действие происходит в 1600-м году в Средневековой Японии. В центре сюжета находится Джон Блэкторн, который является дерзким и предприимчивым английским моряком. Голландское торговое судно «Эразм», на котором он находится, внезапно терпит крушение вблизи берегов маленькой японской деревеньки под названием Андзиро. Сразу после причала к берегу корабль оказывается в окружении самураев, которые берут в плен весь экипаж. Европейских моряков помещают в темницу, которая напоминает собой глубоко вырытую сырую яму. Но в некий момент главному герою удается выделиться среди остальных. И на него обращает внимание сам лорд Йошии Торанаги – помещик, который владеет землями этой рыбацкой деревеньки, и не только. Тот проявляет большой интерес к юноше, который, как постепенно выясняется, хорошо образован, обладает знаниями в разных научных сферах и, в целом, имеет в себе скрытый потенциал.
И Торанаги не ошибается. Ведь Джон обладает знаниями в сфере математики, физики, картографии и является не менее хорошим знатоком военного дела. Долго не думая, помещик решает пощадить этого пленника и оставить его при себе. С этого момента главный герой с головой погружается в изучение японской культуры, знакомится с местными традициями и параллельно пытается найти путь, чтобы уже в ближайшее время покинуть эту страну и возвратиться на родину. Но сделать это оказывается неимоверно сложно и пока что невозможно. Более того, в некий момент, он, сам того не желая, оказывается в самом центре развязавшихся в Японии междоусобных войн. Все начинается с того, что многие члены Совета регентов объединяются против лорда Торанаги, который является главным кандидатом, достойным занять императорский трон. Блэкторн же начинает помогать лорду противостоять врагам, ввиду чего порой ему приходится рисковать даже собственной жизнью.