Сюжет разворачивается в двух временных отрезках. События берут начало в 50-е гг. ХХ столетия, когда в глубинах Тихого океана, расположенных вблизи берегов Сан-Франциско, обнаруживается целый подводный мир разнообразных громадных монстров. Это открытие непременно становится причиной возникновения у властей беспокойства. Ведь они блестяще понимали, что Годзилла, и остальные подобные ему существа представляют собой огромную опасность для всего мира и человечества в целом. Именно поэтому было принято решение попробовать ликвидировать эту вселенную монстров, применив с этой целью ядерное оружие. Параллельно сформировалась секретная организация «Монарх», главная задача которой состояла в поимке и изучении этих громадных древних животных. А должность руководителя этой организации досталась предприимчивому офицеру Ли Шоу.
Спустя полвека, а именно - в 2014-м году, уже весь мир окончательно узнал и убедился, что гигантские древние монстры существуют. Наглядным подтверждением всего этого стало произошедшее между Годзиллой и Титанами столкновение, в результате которого от Сан-Франциско не сталось и мокрого следа. Ведь некогда громадный и процветающий город сравнялся с землей, и теперь на его месте осталась лишь одна пустошь. Шокированная последними событиями, Кейт Ранда, являющаяся обычной учительницей из уже уничтоженного Сан-Франциско, решает не останавливаться и продолжать поиски ее некогда пропавшего без вести отца. Заручившись поддержкой Мэй и Кентаро, она возобновляет поиски, которые постепенно наводят ее на тайное агентство «Монарх». Пока она понимает лишь одно: ее семья неким непонятным образом была связана с данной организацией. И теперь, чтобы наконец-то найти ответы на мучающие Кейт вопросы, ей необходимо отыскать бывшего офицера Ли Шоу.