События начинаются ровно с того момента, где закончился первый сезон. Джульетта оказывается там, где по всем правилам оказаться было нельзя, и то, что она видит вокруг, ломает всю картину мира, к которой она привыкла. Пейзаж, воздух, руины на горизонте, всё это не совпадает с тем, что показывают камеры внутри бункера. Одновременно с этим внутри её родного дома, где она оставила друзей, союзников и врагов, начинается серьёзный кризис. Исчезновение шерифа при странных обстоятельствах порождает волну слухов, страха и злости среди жителей. Пока Джульетта пытается разобраться, что происходит снаружи, и найти способ выжить в мире, о котором она ничего не знает, в бункере разворачивается собственная драма. Бернард и другие обладатели секретов пытаются удержать порядок и не допустить того, чего они боятся больше всего: массового бунта. Механики нижних уровней, зная больше остальных, оказываются в эпицентре растущего напряжения. Второй сезон расширяет мир сериала за счёт параллельных линий, показывает изнанку системы управления бункером и подводит зрителя к главному вопросу, который висел с самого начала: как всё это устроено на самом деле и зачем кому-то было создавать такое.